La deficiencia de magnesio en individuos sanos que consumen una dieta balanceada es bastante rara, ya que el magnesio es abundante tanto en alimentos animales como vegetales y debido a que los riñones son capaces de limitar la excreción urinaria de magnesio cuando la ingesta es baja. Las siguientes condiciones aumentan el riesgo de una deficiencia de magnesio:

• Desorden gastrointestinal: La diarrea prolongada, la enfermedad de Crohn, los síndromes de malabsorción, la enfermedad celíaca, la extirpación quirúrgica de una porción del intestino y la inflamación intestinal causada por radiación pueden conducir a una disminución del magnesio.
• Trastornos renales (pérdida de magnesio): La diabetes mellitus y el uso a largo plazo de ciertos diuréticos (véase Interacción con drogas) pueden resultar en un incremento en la pérdida urinaria de magnesio. Muchos otros medicamentos pueden provocar también una pérdida renal de magnesio.
• Trastornos endocrinos y metabólicos: Varias afecciones, como la diabetes mellitus, los trastornos de las glándulas paratiroides, el agotamiento de fosfato, el aldosteronismo primario, e incluso la lactancia excesiva, pueden conducir al agotamiento de magnesio.

La mala ingesta dietética, los problemas gastrointestinales, y el aumento de la pérdida urinaria de magnesio pueden contribuir al agotamiento del magnesio en personas que sufren de alcoholismo. Los adultos mayores tienen ingestas dietéticas de magnesio relativamente bajas. La absorción intestinal de magnesio tiende a disminuir con la edad, y la excreción urinaria de magnesio tiende a aumentar con la edad; por lo tanto, la ingesta subóptima de magnesio en la dieta puede aumentar el riesgo de agotamiento de magnesio en los ancianos.